Unser Schulstandort hat bereits eine langjährige Tradition.

In der Gartenstraße steht das nach Plänen des Architekten Philipp Jacobsthal errichtete Lehrerwohnhaus des ehemaligen Humboldt-Gymnasiums. Das eigentliche Schulgebäude der Papageno-Grundschule wurde in den Jahren 1877/78 auf dem rückwärtigen, von der Straße abgekehrten Teil des Grundstückes in der Bergstraße 58 erbaut. Anfangs war hier eine Gemeindeschule, später eine Hilfsschule und eine Hilfsberufsschule untergebracht.

1945 wurde das Schulgebäude weitgehend zerstört, besonders die Fassade. Treppenhaus und Flure blieben wahrscheinlich erhalten. Der Wiederaufbau unter Verwendung des alten Mauerwerks erfolgte in den Jahren 1950/51. Zusammen mit dem benachbarten Mietshaus gehört das dreigeschossige Lehrerwohnhaus zu den ganz wenigen erhaltenen Gebäuden in diesem Abschnitt der Gartenstraße. Die Straßenfassade ist im Stil der Berliner Bauakademie mit ornamentalem Bauschmuck von künstlerischer Bedeutung ausgestattet.  Das Lehrerwohnhaus als Teil des ehemaligen Gymnasiums ist heute das Filialgebäude der Papageno-Grundschule in der Gartenstraße 25. 

Bis 1990 wurde das Schulgebäude durch eine Polytechnische Oberschule genutzt. Anfangs war es die 16. Oberschule, dann die 9. Oberschule und seit 1980 trug sie den Namen Dr. Philipp Schaeffer-Oberschule, benannt nach dem Widerstandskämpfer und Wissenschaftler Philipp Schaeffer (1894-1943), ein Orientalist, Sinologe und Bibliothekar.

1990 zog dann die 3. Grundschule hier ein, die sich später den Namen "Papageno-Grundschule" gab, denn seit 1993 sind wir eine musikbetonte Grundschule. Dieses besondere Profil hat unsere Schule maßgeblich geprägt und verändert.

• 1993 Profil Musikbetonung
• 1997-1998 1. Theaterprojekt „Die Zauberflöte“
• 1998 Namensgebung und Unterzeichnung eines Patenschaftsvertrages mit der Deutschen Oper
• Schulfest „Die Zauberflöte“
• seit 1996 in jedem Schuljahr Musiktheater- und/oder Tanztheateraufführungen
• 1998-2002 Planung der Sanierung des gesamten Schulkomplexes
• 2003-2005 Sanierung des Hauptgebäudes
• 2005-2006 Sanierung des ehemaligen Hortgebäudes
• 2006-2008 Umgestaltung des Schulhofes und des Sportplatzes
• 2008-2009 Sanierung der Turnhalle
• 2009 Einbau der Schalldämmung
• 2015 Aufstellen von Containern mit 2 zusätzlichen Räumen
• 2016 Aufstockung der Container mit 2 zusätzlichen Räumen
• 2016 Beginn der Bauarbeiten zur Errichtung eines MEB (Modularer Ergänzungsbau)
• 2017 Übergabe und Bezug des MEB durch die 4., 5. und 6. Klassen und den Schülerclub
• 2017 Eröffnung eines zusätzlichen Container-Speiseraumes
• 2019 Neugestaltung des Spielplatzes vor dem MEB
• 2020 Beginn der Planung für Anbau an das Hauptgebäude - Lückenschluss  zum Nachbarwohnhaus - + evtl. Sanierung HG
• 2022 Planungsentwurf https://gruberpopp.de/projekte/papageno-grundschule-berlin/
• 2022 Errichtung einer Photovoltaikanlage auf unserem MEB
• 2023 geplanter Baubeginn in den Sommerferien 2023 für den Neu-/Anbau an das Hauptgebäude?